暗黑編年史
第二章 よみがえる大长老
黑暗编年史
序幕：
1个看似公主的女孩受到几个人的追杀~~~~她拿下了雕像手中的剑和他们展开了战斗（这时可以熟练下操作~~O是攻击，X是锁定，□是使用快捷栏里的道具~~△是调出控制界面~R1是防守，L1+O是使用魔法，魔法的话L1按住是可以蓄力的，男主角是用枪）这时当她赶到她父亲的 卧室时看见父亲已经死了~~而1个 男的则在时空之洞里消失了，留下了1堆迷。。。。。。。。。。。。。
男主角ユリス受スターブル之托去他家帮厨其修理他的新发明~~在书柜旁找到扳手后就可以开始修理了~~而与次同时难得1次的马戏团表演正在广场上进行着~~主角醒来时才发现自己竟然累的睡着了~~“马戏团的表演快赶不上了~”主角连忙向广场 跑去~~但是此时スターブル却不见了~~不管那丹h了还是看马戏要紧。到了马戏团门口真要检票时突然冒出了个红发的小鬼~1把把主角的门票抢走了~~主角连忙去追她（此时通过询问路人可以知道他逃跑的方向其实就在个木车后面）找到他了后~~拿回票后主角就进入里马戏蓬了，因为人多于是主角爬上了旁边的平台在这里看的清楚多了~~而真看到表演高潮时主角却听到了深厚又个人在交谈于是走过去一看原来是町张和马戏团团长~团长对町长在威胁着什才~而这时主角不小心碰翻了 一旁的罐子被团长发现了~于是派出了小丑们去抓主角（此时主角的攻击和HP都太差所以要多注意防守~1个1个的打~）当主角逃出了马戏蓬后~团长竟然驾驶了架蜘蛛型的机器人来追杀~~~~~不过在好友ドニー的帮助下主角躲进了下水道~~~（这个时候主题曲回出现的~~暴好听那）此时主角想起了团长和町长所说的话~~~~~似乎外面的世界发生了很多事~~~~于是好奇心强大主角决定通过下水道开始向外面世界的探索旅程。。。。。。。。。。
第一章：
前言：游戏的形式大致就是每章几个关卡~在中途的某个特殊关卡就有剧情发生~而对于每章的关卡来说你只要在怪物身上打出拿到指定的物品（第1章就是要拿那个开门的转轮~第2章则是要拿精灵的锯子）就可以到下1关，但是你要把这个关卡的所有怪物打完才能揭开些特定的封印~~而每个关卡也有某些特殊的挑战项目~~1个是最短时间把所有敌人击到的挑战这个是每个关卡都有的知识要求时间不同还有种就是要求主角用右手武器消灭所有怪物或者要求不用道具消灭所有怪物~~当你完成这些挑战后就可以获得メダル（这个东西累积到一定程度在以后町长加入后可以去交换东西，不过似乎都是些衣服~~），有时候在关卡里会出现个问号的东西其实你点了就回发现是翻金币的游戏~如果最后是天使1面你可以获得Abs或者提路全满异常状态取消~是恶魔一面的话就会WHP减半或者体力减半。还有关卡里的一些东西例如箱子~和后面几章里的石头~你只要靠近按R1+○就可以把他举起来然后锁定怪物按O就可以扔出去砸他们，被砸到的怪物不但会少HP还会变成昏迷 状态~
*注：1。Abs：Abs 就是用于武器升级的你用什云Z器打死的怪物出来的 ABS就是给相对的武器所吸收了~（如果是男主角打死换女主角来拿ABS那仍N是2样武器平均吸收）~ABS就是显示在画面右上方武器下面的那条兰色槽~~累积满武器就会升级~~
2．Whp：Whp就是武器的耐久度~打怪物时回慢慢减少遇到些硬甲类的（例如宝箱怪和那些乌龟~还有机器人）Whp 下降的速度就会增快~~当WHP快没了可以用リペアの粉 或者ガンリペア这些修复粉去修复，还有如果想减慢WHP的减少速度就在合成时合成些增加武器耐久的东西
3．关于武器的升级和合成：Abs累积到一定程度武器就会升级~~升级主要是增加攻击和合成次数~任何道具按O都有个什中陘化的选项~~点这个的话道具就会变成合成态了~~然后把他移到武器上就可以进行合成了至于这个物品增加什仁鄐O在变成合成态时是有显示的~早期你要合成的话主要靠些不同属性的合成球~如炎のクリスタル冷気のクリスタル狩人のクリスタル等~到了后期可以拿到高级的水晶只要花1次合成次数而且可以同时增加多项能力值~其实还有种好办法就是把某件武器升5级~~然后去合成效果很好~~一般的初级武器是一定会加10的耐久和随即的攻击至于别的增加哪些数据要看武器了
当主角到达第4个关卡时，竟然遇到了团长 和马戏团的大象~~主角上去打了好几下发现扳手的攻击竟然对它无效~~这个时候スターブル驾驶着他的机器人出现了~~原来他是去制作他的机器人了~~~上来就是对大象1顿暴打~~威力比扳手大的多了~~大象当然马上倒了下去~~~但是还没有结束~团长又让大象爬了起来~而スターブル还准备让机器人去进攻时~~突然机器人冒烟了~原来是没能量了~所以只有36计逃为上策~~~~逃回了スターブル的家后，スターブル告诉主角为了让机器人能长时间行动就需要主角帮忙发明个能量包了~（关于发明：首先需要用照相机拍下照片~~然后把在控制界面选第3项就可以进行发明，3张照片放在一起按□就可以进行发明构思的思出~~至于是哪3样在城市里的房子里仔细观察有些地方主角头上出现！就可以调查下~~不过很多都是片假名~至于拍摄地点可以参考http://www.ps21cn.net/cdb/viewthread.php?tid=7307这个帖子~，然后发明构思出来了后就可以进行发明根据发明的不同回提示你需要不同的材料~~我就不多说了）他告诉主角的3样东西的所在地方只需要再和他对话1次他就会告诉你了~~不过因此也可以知道要找些照片可真的需要很仔细观察~~然后制造能量报还需要些材料去スターブル对面的杂货店就可以买到了~~有了能量包再回到第4关卡那里打大象真是不用吹灰之力就可以搞定了~~到了倒数第2个关卡时团长又会出现~这次他带的就是那个蜘蛛型机器人了~这个BOSS战的方法是把机器人发射出来的球型炸弹用R1+O的方法捡起来向他扔过去~~炸了2次后他的头会低下来趁这个时候去打他的头反复几次就OK了~~与次同时スターブル也经过了町长的同意让火车重新启动了，这时候主角也走出了地下水道刚好在月台上遇到了开着火车的スターブル他们，于是乘上了火车向着外面的世界前进。。。。。。。。。。。
但是事情其实还没 结束，没想到团长还活着而且还开着辆带着机关炮的汽车来破坏火车~~此时スターブル回告诉你用炸弹来解决他们于是就要再用到R1+O的方法了~~不过这里要注意的是你再扔的时候开准时机最好不要是他 扫射了1半的时候这时候你把炸弹扔出去等炸弹到那里刚要爆炸时正好是他跳起来的时候~~所以最好是看他就要扫射时再扔，还有要注意的千万不要太紧张炸到火车了~~时间是来得及的但是如果你炸到火车的话少血可就是比较大了~~
BOOM~~汽车终于被炸掉了团长也被炸到了火车上~~没想到这时候的他竟然孤注一掷~露出了捆在身上的炸药想要和主角以及火车同归于尽~~就在大家都认为死岛了的时候那个红头发的小鬼出现摇身一变竟然就是游戏开始时的那个公主，她1上来就把团长身上的炸弹全砍了~~最后再用了几个魔法把他送上西天~~后来他开始和主角讲起了自己的来历~原来她是来自100年后的未来~~因为未来已经被1个邪恶的大帝给破坏和统治了~~为了改变未来他只有回到过去来改变历史~~就是去寻找那些已经被破坏的东西的起源点~这时火车刚好因为有石头挡路在篇森林前停了下来~~女主角突然发现这里就是未来的大長老ジュラク的起源点所在的地方，于是2位主角开始了为了拯救未来的新旅程。。。。。
注：如果是刚开始玩的朋友要记得把那个大象和蜘蛛型机器人的照片都拍下来这2张都是带星的照片，错过了以后拍不到的~
第二章 よみがえる大长老
刚一进入夏洛特（シャ－ロット）便发生了事件，之后进入民家，从四个ファブリ－ス人和ホ－リ－那里打听情报，从コンダ那里得到了“ぶどう酒”。之后可以通过帕姆布林克斯的吊桥前往政府大楼门前。
进入七色蝶の森，首先经过【阶层1：怖い森】来到【阶层2：木のばけもの】，进入后从莫妮卡那里得到了各种水晶，扳手的合成点数上升6点！【阶层3：甲罗ごろごろ】，此处有红色封印，因此不能切换成尤利斯。
在【阶层4：怪鱼の沼】和正在钓鱼的ノ－ム交谈，并把“ぶどう酒”给他，可以得到钓竿（つり竿）和“ミミ－”。向里走，与マスタ－ウ－タン见面，听取怪鱼之沼主人的话。再次与マスタ－ウ－タン对话。在沼泽的前面钓鱼，与莫妮卡对话发生事件，之后再钓鱼时，以“毒リンゴ”为饵。应エンペラ－マ－ダン的要求去钓“ハグハグ”，如果“ミミ－”没有了的话，去找ノ－ム交谈还可再获得5只。当エンペラ－マ－ダン有“！”的表示后对它使用“ハグハグ”。前往小矮人的住所，之后返回夏洛特。再去小矮人之家，之后便可使用卡朋特里昂和时空门了，如果立即前往未来的话还可以取得2枚つづら。在怪鱼之沼与マスタ－ウ－タン见面，可先挪开岩石。
【阶层5：これがジオスト－ン？】在这一层有模型石（ジオスト－ン）出现，留意收集。如果此时返回夏洛特的话可以得到增量的道具袋，能够盛装更多的道具，此外还能获得其他道具。建设一部分的村庄后前往未来，可以获得两枚つづら。
【阶层6：森の骚音】本层有模型石散落。【阶层7：ボクはピクシ－】本层有模型石散落，另外由于有蓝色封印，所以不能切换使用莫妮卡。【阶层8：传说の蛇キラ－スネ－ク】本层有模型石散落。如此时返回夏洛特便能从模型石当中得知使ジュラク复活的方法。前往帕姆布林克斯，使园艺师グリン成为仲间，从现在开始可以收集NPC了，不过还有一部分人暂时不能加入。
【阶层9：怪奇！クモババ】本层有模型石散落。为了使ジュラク复活而前往未来对话，这里需要消耗一定的时间，等一下即可返回。之后再度返回ジュラク处，得知必须令ラフレシアの花开放，必须得到“太阳のしずく”，从ヒマ－ラ挤出树的汁液。
【阶层10：七色の泷·入口】本层有模型石散落。建筑好服装屋之后便可以在ウッディ－テイラ－买到变身成ヒマ－ラ的徽章。回到迷宫，变身成为ヒマ－ラ，与ヒマ－ラ对话即可获得“太阳のしずく”。
【阶层11：七色の泷】进入后，使ラフレシアの花开放，登上花顶，进行BOSS战：对七色蝶。站在花的中央，对七色蝶的七个部分分别进行攻击，按照赤、橙、黄、绿、青、蓝、紫的顺序来攻击即可。战胜后前去与ジュラク见面，之后和スタ－ブル对话，前往“てんびん谷”。来到“てんびん谷”之后去リン的家。返回帕姆布林克斯，带着ダック回到リン的家。首先让未来的ラオチャオ饭店复活。
第三章 星になった贤者
前往ステラ溪谷，如果中途退出的话会将所有金钱减少一半！【阶层1：猪突猛进】本层有模型石散落。【阶层2：炎と冷气は不仲です】本层有模型石散落。发生尤利斯的回忆事件。【阶层3：大地を震わす魔物】本层有模型石散落。【阶层4：强敌！ヨ－ヨ－ロボ】本层有模型石散落。
【阶层5：谷の象军团】本层有模型石散落。因为有红色封印故不能切换尤利斯。本层产生了月亮与太阳的分支，无论选择哪一方走都可以。如果选择向太阳进发则在“ボスの谷”必须出现ラオチャオ饭店；如果选择向月亮进发则必须在到达“ヨルダの谷”之前帮助リン。
【阶层6（月）：强敌登场！溪谷の战士】本层有模型石散落且有白色封印。【阶层7（月）：ワライボックルの里】本层有模型石散落。【阶层8（月）：咒いの面】本层有模型石散落。也有太阳与星星的分支，星星路线不可行。
【阶层9（月亮－太阳）：オレたちゴロゴロブラザ－ズ】本层有模型石散落。【阶层10（月亮－太阳）：ドラゴンスレイヤ－】本层有模型石散落。之后到达“ヨルダの谷”。对话后发生事件，如果不帮助リン的话将不能继续前进。
如果从阶层5处选择从太阳侧前进则通往【阶层11（太阳）：危险な宝箱】本层有模型石散落。【阶层12：（太阳）：チビ龙军团の逆袭】本层有模型石散落且有蓝色封印，不能切换使用莫妮卡。之后到达ボスの谷。如果没有与ラオチャオ见面，那?#23558;不会有事件发生。村镇建造中将ラオチャオ饭店盖好后即可过关，前往未来。打探和“白き风の花”有关的情报。
前往ボスの谷，先打探和“手ごろな枝”有关的情报，随后在斯菲达（高尔夫）游戏中获胜即可取得“白き风の花”和“スワン”。将“白き风の花”交给ラオチャオ，得到“奇迹のシュ－マイ”。把“奇迹のシュ－マイ”给リン吃下去，之后和リン一起前往岬の灯台。
前往ヨルダの谷，待リン的回忆事件发生过后，与BOSSメムイ－タ战斗。其后取回リン的记忆。【阶层13（月亮－太阳）：カナリア司祭はチ－ズがお好き】本层有模型石散落。【阶层14（月亮－太阳）：自然の惊异】本层有模型石散落。【阶层15（月亮－太阳）：月の男爵】本层有模型石散落。发生钓鱼大会的事件，之后每十天召开一次。【阶层16（月亮－太阳）：灯台が见えてきた】本层有模型石散落。
前往岬の灯台，返回过去调查和道具有关的事情。在未来的“スタ－アイテムズ”购买“星の沙时计”。在坏掉的灯台处使用“星の沙时计”。发生事件后与BOSSギルト－ニ作战。如果以下两项行动失败了的话就会GAME OVER：第一、保证ギルト－ニ和莫妮卡单挑，在接近战当中一定要防御住对方的“剑”攻击，之后再伺机反击；第二、尤利斯要保护リン不受“邪恶な炎”的伤害。
成它Z前往未来。乘坐バ－ス一号移动，前往ベニ－ティオ，在进入ベニ－ティオ的时候发生事件，之后进入【第四章 さよなら、シグ－】
第四章 さよならシグ－
星之沙石计发挥了穿越时空的作用，尤利斯和莫妮卡治好了琳的失忆症并帮助她坚定了成为大贤者的意愿，虽然老师再也不能回到人间，可变成了星星的他却长明在天空，守护着琳。尤利斯和莫妮卡从未来的大贤者克莱斯特（也就是老年的琳）那里得知，掌握了未来最先进科研技术的中心——月亮研究所（ルナ研）也同样被格里芬摧毁，只有回到现代寻找并复活它的起源点才能让月亮研重生，才可以获得月亮研那些独特的科学技术，也只有他们的技术才能令二人回到一万年后找格里芬算帐。
巴斯一号径直驶向海滨的贝尼提奥（ベニ－ティオ），车到站时却再次被散落的巨石阻住了去路，沿木板搭成的楼梯平台行至沙滩，亮丽清新的海边风情立刻吸引了少年的全部注意，和煦的海风缓缓推动并不十分冰冷的海水，形成温柔的浪花轻轻地拍打在细腻金黄的沙滩上……
虽然海滩的面积颇为广阔，可此时却无甚去处，突然尤利斯听到了旁边的山洞里传来了一声惨叫，立刻收拾起玩耍的心情前去一探究竟。山洞的深处居然别有洞天，一只兔子以此为家，惨叫声发自于躺在地上的小海龙嘴里。兔子自我介绍叫做帕乌（パウ），他在海滩尽头的“潮骚の洞窟”里发现了这条受伤的小海龙，于是便把它带了回来，试图为它疗伤，却苦于没有海龙族的药物。帕乌拜托尤利斯和莫妮卡暂时照看一下名叫希古（シグ－）的小海龙，他自己先去为希古找些止痛的药来，帕乌走后，一直奄奄一息的希古却像是受到了什尹踸E一般，发了疯似的向外面跑去，二人未能阻止得住，只得任由希古跑进了潮骚洞窟。不能放任希古不管，同时也是为了在海滩重建未来的月亮研，二人紧追希古的脚步闯入了潮骚洞窟。
【阶层1：海贼あらわる！】本层有模型石散落。【阶层2：鱼だらけ】本层有模型石散落，另外还会有尤利斯的回忆事件发生。【阶层3：战车と亲方】本层有模型石散落，另外还有青の封印，不能使用莫妮卡。【阶层4：水のモンスタ】本层有模型石散落。【阶层5：恐怖！メドゥ－おばさん】本层有模型石散落。【阶层6：海のもぐら】本层有模型石散落。【阶层7：コウモリの巢窟】本层有模型石散落。【阶层8：海贼たちのアジト】本层有模型石散落。
这里的迷宫大多是“海底洞窟＋地表海滩”的结构，想想要是还得兼顾“时间制霸”的“伟业”就够折腾的了。尽头的山洞通往前方深邃的道路，黑漆漆的，不靠近很难看出到底有多深有多远，抱着既来之则安之的心态，二人一同闯了进去。里面的空间豁然开朗，暗流从石块堆砌成的渠道中或缓或急地流过，发出了“汩汩”轻响，这声音旋即与四周空旷的石壁互相碰撞，瞬间充盈了整个空间，虽满溢却不刺耳。
远处的石路边上稀疏地点着几盏灯火，在昏黄摇摆的火光映照之下，二人赫然看到面前那几有数丈之高的石壁上现出了一幅巨大的壁画，走近些细瞧，石块的上面几乎布满了苔藓，绿绿粘粘的，还有些霉味，应该是有些年头的了。沿左侧横跨暗流的通路走到石壁右下方，似乎隐约传来些鸣叫的声响，难道希古就在里面？二人交换了一下眼神，均同意到里面察看。
石壁的后方又是一间空旷巨大的石屋，周围怪石嶙峋，正中央则是一个水潭。希古突然从水潭中冒了出来，红着眼睛，摇头晃脑地朝二人冲了过来，不分青红皂白地开始展开攻击。尤利斯清楚地看到，希古的头上被戴上了一种装置，也许就是这个装置的安放者控制了善良温顺的希古来攻击他们的吧。不能伤害无辜的希古，同时还要找到解决问题的办法，二人带着这样的疑问回到了帕乌的家中，随后得知必须要先使未来月亮研的第一实验室（第1ラボ）复活才能找到这个办法。
按照之前在迷宫中收集到的模型石的指示，在海滩上放置八块作为未来月亮研地基的浅桥，另外再造一间铁の家，将其漆成红色，并在浅桥旁边置一艘船，令镇长之女克莱尔（クレア）入住，还有必须要满足的一点是文化值（CP）达到30以上，如果不够的话可以通过为铁の家增加烟囱或是风向鸡或是门口邮箱的方法达成。
通过传送点来到未来，进入刚被复活的第一实验室，在所长奥兹蒙德（オズモンド）的教诲下才知道，希古被一种电子装置控制了神经，只有用电子干扰的方式才能去处该控制装置。奥兹蒙德所长给了尤利斯一条鱼饵——“电子小虫（电气ミミズ）”，将电子小虫随便喂给鱼缸里的鱼，这样那条鱼便会带有电子干扰特性，再利用希古爱吃鱼的这个特点，把电子鱼喂给它吃，就可以解除电子装置对它的控制了。按照所长教的方法实行，尤利斯造出了一条金光闪闪的电子鱼，再度来到有着古代壁画的洞窟，准备解救希古。
发狂的希古只会追着人乱跑，可趁它发呆的瞬间抓拍特写。正确的攻击办法应该是先用普通攻击激怒希古，让它低下头并张大嘴巴，此时即可趁机像举石头那样举起电子鱼并投掷到希古的嘴里，之后电子鱼开始发挥作用，破坏了希古头上的控制装置。希古虽然又恢复了自己的意识，可身上的伤却没有丝毫痊愈的现象，于是尤利斯便和莫妮卡费力地将它重新送回帕乌那里。
在帕乌的家中，三人还是为希古的伤势一筹莫展，帕乌说，只有找到希古的海龙家族才有希望得到治疗它的特效药，据说海龙族的村落就在通过潮骚洞窟之后的地域。如果此时村镇建设的条件能够满足月亮研第二实验室（第2ラボ）的复活而建筑配件也相应齐全的话，即可建好第二实验室并再度回到未来，从二室的所长——恰普博士（Dr.チャップ）那里得到“贝がら型ほんやく机”，一种能够让人类和海龙族对话的语言翻译机。
通过古代壁画的洞窟继续前进，来到【阶层9：さすらいのビリ－】本层有模型石散落，另外还有白色封印，不可使用一切回复系的道具，此外本层有星星与太阳的分支路线，星之路线暂时不能通过，只能选择太阳一条路。【阶层10（太阳）：死灵のうたげ】本层有模型石散落。【阶层11（太阳）：改良されたあいつ】本层有模型石散落，另外还有红色封印，不能用尤利斯。
【阶层12（太阳）：また出た！传说の海蛇】本层有模型石散落，另外还会发生赛鱼大会召开的事件，此后与钓鱼大会交替出现，如果某日开始大会的话，按△键打开菜单的时候即可从左上角滚动的信息中获知。【阶层13（太阳）：咒われた海】本层有模型石散落。【阶层14（太阳）：惨剧の海】本层有模型石散落。
通过一连串迷宫的考验，二人终于来到了海龙村的所在，似乎这里的阳光更为明媚，空气更为清新，海水更为清澈，天空更为透明。一条条巨大的成年海龙或三五成群地聚在一起，或独自悠闲自得地享受着海滩的阳光，一派桃源乐土不受世俗庸扰的景象。尤利斯环顾了一下，朝着它们之中看起来体型最为壮硕且年龄颇老迈的一条海龙走去。
果不其然，那老海龙便是海龙族的长老巴尔（バル），尤利斯阐明来意，长老以“龙の秘药”相赠，助尤利斯为希古治伤。回到帕乌的家里，对希古使用“龙の秘药”，不片刻它身上的伤口便完全愈合，欢快地鸣叫着，朝向自己族人的村落奔去。帕乌不放心希古，尾随而去，尤利斯和莫妮卡也跟了过来。
在海龙村里，曾经袭击过二人的格里芬飞空艇再度出现，不过这次基尔托尼（ギルト－ニ）并未出手，改由他手下的那个怪模怪样的博士来对付二人。贾明博士（Dr.ジャミング）的外号非常奇怪，叫什丑妥d剧的摇滚乐手”，这点从他正式登场时的铺张场面也可得以证实。也不知他用了什中漎q，竟然让所有成年的海龙都戴上了那种电子控制器，那些海龙现在全部都由他来控制了，看来之前对希古下手的就是他。
二人被一众海龙团团围在中央，贾明博士还驾驶着飞行器在空中捣乱，看来只有先把这个大祸胎除去才能恢复全部海龙的神智。贾明博士会在海龙的上方不停地绕着主人公兜圈子，有张特写别忘了拍，对付他很简单，只需算好提前量，在他到达某只海龙的上方之前打击该海龙的头部令海龙抬头即可撞击其飞行器，不用几下即可搞定。
格里芬军团的阴谋再次被击破，海龙全族得救，长老带领着全体海龙游向大海深处，碧波荡漾时，夕阳映照出一片火红。20年后，希古将成为海龙族的新长老，帕乌忘情地喊着：“再见了，希古！”由于尤利斯的努力，贝尼提奥海滩的建设工作100％竣工，未来的月亮研成用`活。二人来到未来，进入中央实验室，在这里遇到了反抗格里芬军队的领袖——多纳·宏王（ドナ·ホ－ン）。
由于反抗格里芬的战势异常紧急，各种消息频繁从前线传来，坚守在前线的女性领导艾依娜（エイナ）竟然就是尤利斯的母亲。见到久别重逢的母亲，尤利斯千言万语不知从何说起，禁不住便要哭了出来。母亲告诉他，从远古时代起，阿特拉米利亚宝石便会自己挑选守护者，世上一共有三块宝石，蓝色的月亮之石选中了莫妮卡，红色的大地之石选中了尤利斯，金色的太阳之石选中了格里芬。格里芬妄图将三块宝石都据为己有，于是从一万年前便开始了穿越时空的破坏行动。母亲是属于未来的人，因为命中注定要保护尤利斯的父亲而来到了现代，二人日久生情，结为夫妇，并最终生下了大地之石的主人——尤利斯，然而终于因为时空的差异不能令夫妻母子团聚，她必须回到未来帮助大家抵抗格里芬的侵略。
听到此处尤利斯早已泪流满面，他终于找到了妈妈，却只能在不同的时空中看着她，难道这就是命运？妈妈告诉尤利斯，光靠月亮研的科技还不够，必须依靠位于刚多尔火山（ガンド－ル火山）的大工房才可以制造出对付格里芬的终极武器，需要尤利斯立刻赶往刚多尔火山寻找令未来大工房复活的起源点。面对格里芬残酷的侵略袭击，尤利斯也只好将难得的亲情暂放一边，乘坐巴斯一号前往刚多尔火山。（注：若村镇建设的完成度达到了100％，去第二实验室即可从所长恰普博士那里可以得到机器人的强力武器——ペズキャノン。）
第五章：决战！过去と未来と
亿万年间这座活火山的喷发堆积出厚达数百米的火山灰，黑黝黝的，覆盖在山脚下面。空气里弥漫着呛人的硫磺味，眼前如雪花般飘落的，是夭折的萤火虫？还是冻结了的神的血泪？通红着散放出点点光芒，是未燃尽的火星儿，熄灭了，变成灰，沉积在地面。天空虽然阴沉沉的，暗得令人压抑，可是天边偶尔一现的那抹火红却蕴藏着无穷的爆发力和生命力，地面上凹凸不平的是火山的“毛孔”，间歇性地排放出过剩的热量。
海姆·拉达（ヘイム·ラダ）便是位于刚多尔火山脚下的火山灰堆积平原，也是未来大工房的建造地点，根据母亲的指示，必须到达山顶，将控制火山喷发的“ファイア－スコ－ル”装置破坏，然后用在迷宫中获得的模型石来建造大工房。【阶层1：グリフォン军との战い】本层有模型石散落。【阶层2：ガンド－ルの风】本层有模型石散落，还有红色封印，不能使用尤利斯。【阶层3：山のチビ龙たち】本层有模型石散落。【阶层4：スチ－ムギョ－ン】本层有模型石散落，还有蓝色封印，不能用莫妮卡，此外本层有星星与太阳的分支路线，星之路线暂时不能通过，只能选择太阳一条路。【阶层5（太阳）：出现！山の暴れん坊】本层有模型石散落。【阶层6（太阳）：赤いイワノフ】本层有模型石散落。【阶层7（太阳）：危险地带】本层有模型石散落。【阶层8（太阳）：火の山の秘密】本层有模型石散落。【阶层9（太阳）：デストラップ】本层有模型石散落。【阶层10（太阳）：决死の八合目】本层有模型石散落。【阶层11（太阳）：うっとうしいやつら】本层有模型石散落。
终于攀登至刚多尔火山的顶部，二人见到了硕大的火焰喷发装置——ファイア－スコ－ル，那壮观的机械也不会存在太久了，还是给它照张相片留作纪念好了，不过对于破坏却拿它没有丝毫的办法，看来只有先让未来的大工房复活一部分才能找到破坏它的方法吧。返回海姆·拉达，按照从前11层迷宫中找到的模型石的指示，先在地上盖几座民宅（三座以上），最好是铁的，其次为石头的，木头房子由于易燃而不加以考虑。还要用石块铺垫三层地基，在最上层盖间房，随便让谁住进去就行。某间房上要有烟囱，里面要住人。另间房上要放置クレ－ン和ア－ム，让颇尔尼奥（ポルネオ）入住，另外要在地上再加盖发电机。如果此时的文化值可以达到60以上，那?#21018;多拉达（ガンドラダ）大工房即可部分复活。
通过传送点来到未来，尤利斯登时被眼前宏伟壮观的景象惊呆了——未来的大工房竟然会占据了整座山的面积，全部的建筑都围绕着中心的深坑以环形建在周围，场景奇大无比，光跑上一圈大概就会花费两个小时（游戏内部时间），幸好有传送点通往各主要路段才不至于浪费更多的时间。通过电梯来到大工房的2F，和长相动作酷似颇尔尼奥的グイスコン交谈（可能是他的后代），可以获得爆破ファイア－スコ－ル用的定时炸弹（时限ばくだん）。返回现代，重新登上火山顶，在ファイア－スコ－ル前使用定时炸弹，随着一阵惊天动地的大爆炸，ファイア－スコ－ル烟消云散，随火山灰一同做了山脚的铺垫物。
正待庆祝时，基尔托尼再次驾驶着飞空军舰デスア－ク出现在二人面前，他十分懊恼二人破坏了他们的计划。操纵着大战舰对二人展开了疯狂的进攻。此役最好用尤利斯驾驶机器人来对付军舰，幸好之前曾经获得远距离武器ペズキャノン，否则还真不容易对付。飞空军舰既有机枪扫射，又有跟踪炸弹发射，虽然场景广阔且有大石遮挡，但似乎对方的攻击没有死角可躲，只能不停移动。如果机器人的核心与外壳的防御都不高，而燃料也不多的话，最好多备些燃料用，虽然最多只可携带5桶燃料，但是若加上斯塔布尔的回复能力也许刚好够用。
莫妮卡和基尔托尼是仇人见面分外眼红，趁飞空军舰被摧毁的刹那迫不及待地跳到了船上，欲与对方拼命。不料基尔托尼佯做不敌，反手将莫妮卡打晕，二人和起火的飞艇一同坠落到火山口中……尤利斯眼见莫妮卡遭难，急忙择路从火山口沿绳攀了下去。【阶层12（太阳）：炎の道をゆく】本层有模型石散落。【阶层13（太阳）：爆炎のアンデッド】本层有模型石散落。【阶层14（太阳）：ファイヤ－ドラゴン】本层有模型石散落，还有白色封印，不能使用任何回复系道具。【阶层15（太阳）：宝箱危险ゾ－ン】本层有模型石散落。【阶层16（太阳）：炎の川に续く道】本层有模型石散落。
虽然迷宫到了尽头，可通往最后一站的大门却被岩浆所堵塞，眼下唯一之计便是返回海姆·拉达将复活大工房的工作进行到底。待100％完成后，尤利斯前往未来，在操作室（オペレ－ションル－ム）里找到了多纳·宏，他将可以打通岩浆的乐器“ファイア－ホン”交给尤利斯。尤利斯返回现代，在被岩浆堵塞的门前使用“ファイア－ホン”，岩浆会自动流开，形成一条通路。进入后找到了基尔托尼和依然昏迷的莫妮卡。开始战斗，基尔托尼很好对付，只要留意他的进攻规律即可轻松回避，用尤利斯的右手武器便可打倒他。出人意料的是，基尔托尼竟然还会变身！怪物化的他能力显然增强了不少，最好还是坐机器人来打，另外不要忘记拍下变身后的“究极ギルト－ニ”的特写。
战败的基尔托尼躺在地上，回忆起自己悲惨的童年，原本也是无忧无虑的他和妈妈开开心心地生活在一起，可是突然降临的厄运却带走了妈妈的生命，无依无靠的基尔托尼只好转投格里芬门下，干起了暗之刺客的勾当。悔之晚矣，基尔托尼的眼皮渐渐地沉重了起来，虽然站在敌对的立场之上，可失去母亲的痛苦却让尤利斯对基尔托尼产生了一丝同情。莫妮卡看着基尔托尼生命的流逝，仇恨的心情由浓转淡，也许错不在他吧。
二人一同前往未来，到大工房察看建造反抗格里芬武器的进度，此时巨大的人形机动要塞帕兹诺斯（パズノス）已经完成，从各层的传送点均可前往通往帕兹诺斯的桥（パズノス·ブリッジ）。在帕兹诺斯内部，多纳·宏正在等待着二人，他问尤利斯是否准备好与格里芬开战，回答“はい”即可。多那下令电脑操作员将要塞升空并移动起来，此时格里芬控制的无数岩石傀儡纷纷开始行动，虽然要塞的作战能力很强，可终究有些不敌数目众多的怪物。在前线指挥作战的艾依娜不停告急，尤利斯也是颇为焦虑，不过在得知现在可以去一万年前打倒格里芬之后，情况终于有了好转。
尤利斯和莫妮卡来到月亮研，在中心实验室里，结合了月亮研的科技与大工房的制作两方面的产物——时空列车依库希昂（イクシオン）终于诞生了，由第一实验室所长奥兹蒙德担任列车长，载着二人穿越时空，飞向遥远的古代……
第六章 二つの时代、重なるとき……
一万年前，大地一片荒芜，只有格里芬居住的月花宫殿挺立在地面，雄伟且阴森。天空一片阴霾，隐约从厚重的云层下露出些惨红的光，更显出宫殿的诡秘。一轮圆月从宫殿背后缓缓升起，在这个年代，原来世界是只有一轮月亮的。奥兹蒙德嘱咐二人一定要小心，因为毕竟这里是格里芬的老巢，那种压抑的威势即使在门外也感觉得到。二人一同步入宫殿，迎接二人的，是一只和帕乌差不多的兔子，身披一件隐士才穿的带帽子的宽松大氅。兔子一开口，将二人吓了一跳，原来他便是引起无数争端的格里芬大帝。格里芬大帝的真身竟然是一只兔子？这话说给谁恐怕都不会相信吧。可无奈的是，事实确是如此，二人也只好面对。格里芬向二人展示了自己所拥有的金色太阳宝石，并劝诱二人将各自拥有的宝石都交出来给他，在遭到拒绝后便发起挑战。
格里芬会在空中飘浮并绕着圈子，偶然才会落在地面上，如果左手武器不够强劲的话就只有趁这个机会进攻了
黑暗编年史
序幕：
1个看似公主的女孩受到几个人的追杀~~~~她拿下了雕像手中的剑和他们展开了战斗（这时可以熟练下操作~~O是攻击，X是锁定，□是使用快捷栏里的道具~~△是调出控制界面~R1是防守，L1+O是使用魔法，魔法的话L1按住是可以蓄力的，男主角是用枪）这时当她赶到她父亲的 卧室时看见父亲已经死了~~而1个 男的则在时空之洞里消失了，留下了1堆迷。。。。。。。。。。。。。
男主角ユリス受スターブル之托去他家帮厨其修理他的新发明~~在书柜旁找到扳手后就可以开始修理了~~而与次同时难得1次的马戏团表演正在广场上进行着~~主角醒来时才发现自己竟然累的睡着了~~“马戏团的表演快赶不上了~”主角连忙向广场 跑去~~但是此时スターブル却不见了~~不管那丹h了还是看马戏要紧。到了马戏团门口真要检票时突然冒出了个红发的小鬼~1把把主角的门票抢走了~~主角连忙去追她（此时通过询问路人可以知道他逃跑的方向其实就在个木车后面）找到他了后~~拿回票后主角就进入里马戏蓬了，因为人多于是主角爬上了旁边的平台在这里看的清楚多了~~而真看到表演高潮时主角却听到了深厚又个人在交谈于是走过去一看原来是町张和马戏团团长~团长对町长在威胁着什才~而这时主角不小心碰翻了 一旁的罐子被团长发现了~于是派出了小丑们去抓主角（此时主角的攻击和HP都太差所以要多注意防守~1个1个的打~）当主角逃出了马戏蓬后~团长竟然驾驶了架蜘蛛型的机器人来追杀~~~~~不过在好友ドニー的帮助下主角躲进了下水道~~~（这个时候主题曲回出现的~~暴好听那）此时主角想起了团长和町长所说的话~~~~~似乎外面的世界发生了很多事~~~~于是好奇心强大主角决定通过下水道开始向外面世界的探索旅程。。。。。。。。。。
第一章：
前言：游戏的形式大致就是每章几个关卡~在中途的某个特殊关卡就有剧情发生~而对于每章的关卡来说你只要在怪物身上打出拿到指定的物品（第1章就是要拿那个开门的转轮~第2章则是要拿精灵的锯子）就可以到下1关，但是你要把这个关卡的所有怪物打完才能揭开些特定的封印~~而每个关卡也有某些特殊的挑战项目~~1个是最短时间把所有敌人击到的挑战这个是每个关卡都有的知识要求时间不同还有种就是要求主角用右手武器消灭所有怪物或者要求不用道具消灭所有怪物~~当你完成这些挑战后就可以获得メダル（这个东西累积到一定程度在以后町长加入后可以去交换东西，不过似乎都是些衣服~~），有时候在关卡里会出现个问号的东西其实你点了就回发现是翻金币的游戏~如果最后是天使1面你可以获得Abs或者提路全满异常状态取消~是恶魔一面的话就会WHP减半或者体力减半。还有关卡里的一些东西例如箱子~和后面几章里的石头~你只要靠近按R1+○就可以把他举起来然后锁定怪物按O就可以扔出去砸他们，被砸到的怪物不但会少HP还会变成昏迷 状态~
*注：1。Abs：Abs 就是用于武器升级的你用什云Z器打死的怪物出来的 ABS就是给相对的武器所吸收了~（如果是男主角打死换女主角来拿ABS那仍N是2样武器平均吸收）~ABS就是显示在画面右上方武器下面的那条兰色槽~~累积满武器就会升级~~
2．Whp：Whp就是武器的耐久度~打怪物时回慢慢减少遇到些硬甲类的（例如宝箱怪和那些乌龟~还有机器人）Whp 下降的速度就会增快~~当WHP快没了可以用リペアの粉 或者ガンリペア这些修复粉去修复，还有如果想减慢WHP的减少速度就在合成时合成些增加武器耐久的东西
3．关于武器的升级和合成：Abs累积到一定程度武器就会升级~~升级主要是增加攻击和合成次数~任何道具按O都有个什中陘化的选项~~点这个的话道具就会变成合成态了~~然后把他移到武器上就可以进行合成了至于这个物品增加什仁鄐O在变成合成态时是有显示的~早期你要合成的话主要靠些不同属性的合成球~如炎のクリスタル冷気のクリスタル狩人のクリスタル等~到了后期可以拿到高级的水晶只要花1次合成次数而且可以同时增加多项能力值~其实还有种好办法就是把某件武器升5级~~然后去合成效果很好~~一般的初级武器是一定会加10的耐久和随即的攻击至于别的增加哪些数据要看武器了
当主角到达第4个关卡时，竟然遇到了团长 和马戏团的大象~~主角上去打了好几下发现扳手的攻击竟然对它无效~~这个时候スターブル驾驶着他的机器人出现了~~原来他是去制作他的机器人了~~~上来就是对大象1顿暴打~~威力比扳手大的多了~~大象当然马上倒了下去~~~但是还没有结束~团长又让大象爬了起来~而スターブル还准备让机器人去进攻时~~突然机器人冒烟了~原来是没能量了~所以只有36计逃为上策~~~~逃回了スターブル的家后，スターブル告诉主角为了让机器人能长时间行动就需要主角帮忙发明个能量包了~（关于发明：首先需要用照相机拍下照片~~然后把在控制界面选第3项就可以进行发明，3张照片放在一起按□就可以进行发明构思的思出~~至于是哪3样在城市里的房子里仔细观察有些地方主角头上出现！就可以调查下~~不过很多都是片假名~至于拍摄地点可以参考http://www.ps21cn.net/cdb/viewthread.php?tid=7307这个帖子~，然后发明构思出来了后就可以进行发明根据发明的不同回提示你需要不同的材料~~我就不多说了）他告诉主角的3样东西的所在地方只需要再和他对话1次他就会告诉你了~~不过因此也可以知道要找些照片可真的需要很仔细观察~~然后制造能量报还需要些材料去スターブル对面的杂货店就可以买到了~~有了能量包再回到第4关卡那里打大象真是不用吹灰之力就可以搞定了~~到了倒数第2个关卡时团长又会出现~这次他带的就是那个蜘蛛型机器人了~这个BOSS战的方法是把机器人发射出来的球型炸弹用R1+O的方法捡起来向他扔过去~~炸了2次后他的头会低下来趁这个时候去打他的头反复几次就OK了~~与次同时スターブル也经过了町长的同意让火车重新启动了，这时候主角也走出了地下水道刚好在月台上遇到了开着火车的スターブル他们，于是乘上了火车向着外面的世界前进。。。。。。。。。。。
但是事情其实还没 结束，没想到团长还活着而且还开着辆带着机关炮的汽车来破坏火车~~此时スターブル回告诉你用炸弹来解决他们于是就要再用到R1+O的方法了~~不过这里要注意的是你再扔的时候开准时机最好不要是他 扫射了1半的时候这时候你把炸弹扔出去等炸弹到那里刚要爆炸时正好是他跳起来的时候~~所以最好是看他就要扫射时再扔，还有要注意的千万不要太紧张炸到火车了~~时间是来得及的但是如果你炸到火车的话少血可就是比较大了~~
BOOM~~汽车终于被炸掉了团长也被炸到了火车上~~没想到这时候的他竟然孤注一掷~露出了捆在身上的炸药想要和主角以及火车同归于尽~~就在大家都认为死岛了的时候那个红头发的小鬼出现摇身一变竟然就是游戏开始时的那个公主，她1上来就把团长身上的炸弹全砍了~~最后再用了几个魔法把他送上西天~~后来他开始和主角讲起了自己的来历~原来她是来自100年后的未来~~因为未来已经被1个邪恶的大帝给破坏和统治了~~为了改变未来他只有回到过去来改变历史~~就是去寻找那些已经被破坏的东西的起源点~这时火车刚好因为有石头挡路在篇森林前停了下来~~女主角突然发现这里就是未来的大長老ジュラク的起源点所在的地方，于是2位主角开始了为了拯救未来的新旅程。。。。。
注：如果是刚开始玩的朋友要记得把那个大象和蜘蛛型机器人的照片都拍下来这2张都是带星的照片，错过了以后拍不到的~
第二章 よみがえる大长老
刚一进入夏洛特（シャ－ロット）便发生了事件，之后进入民家，从四个ファブリ－ス人和ホ－リ－那里打听情报，从コンダ那里得到了“ぶどう酒”。之后可以通过帕姆布林克斯的吊桥前往政府大楼门前。
进入七色蝶の森，首先经过【阶层1：怖い森】来到【阶层2：木のばけもの】，进入后从莫妮卡那里得到了各种水晶，扳手的合成点数上升6点！【阶层3：甲罗ごろごろ】，此处有红色封印，因此不能切换成尤利斯。
在【阶层4：怪鱼の沼】和正在钓鱼的ノ－ム交谈，并把“ぶどう酒”给他，可以得到钓竿（つり竿）和“ミミ－”。向里走，与マスタ－ウ－タン见面，听取怪鱼之沼主人的话。再次与マスタ－ウ－タン对话。在沼泽的前面钓鱼，与莫妮卡对话发生事件，之后再钓鱼时，以“毒リンゴ”为饵。应エンペラ－マ－ダン的要求去钓“ハグハグ”，如果“ミミ－”没有了的话，去找ノ－ム交谈还可再获得5只。当エンペラ－マ－ダン有“！”的表示后对它使用“ハグハグ”。前往小矮人的住所，之后返回夏洛特。再去小矮人之家，之后便可使用卡朋特里昂和时空门了，如果立即前往未来的话还可以取得2枚つづら。在怪鱼之沼与マスタ－ウ－タン见面，可先挪开岩石。
【阶层5：これがジオスト－ン？】在这一层有模型石（ジオスト－ン）出现，留意收集。如果此时返回夏洛特的话可以得到增量的道具袋，能够盛装更多的道具，此外还能获得其他道具。建设一部分的村庄后前往未来，可以获得两枚つづら。
【阶层6：森の骚音】本层有模型石散落。【阶层7：ボクはピクシ－】本层有模型石散落，另外由于有蓝色封印，所以不能切换使用莫妮卡。【阶层8：传说の蛇キラ－スネ－ク】本层有模型石散落。如此时返回夏洛特便能从模型石当中得知使ジュラク复活的方法。前往帕姆布林克斯，使园艺师グリン成为仲间，从现在开始可以收集NPC了，不过还有一部分人暂时不能加入。
【阶层9：怪奇！クモババ】本层有模型石散落。为了使ジュラク复活而前往未来对话，这里需要消耗一定的时间，等一下即可返回。之后再度返回ジュラク处，得知必须令ラフレシアの花开放，必须得到“太阳のしずく”，从ヒマ－ラ挤出树的汁液。
【阶层10：七色の泷·入口】本层有模型石散落。建筑好服装屋之后便可以在ウッディ－テイラ－买到变身成ヒマ－ラ的徽章。回到迷宫，变身成为ヒマ－ラ，与ヒマ－ラ对话即可获得“太阳のしずく”。
【阶层11：七色の泷】进入后，使ラフレシアの花开放，登上花顶，进行BOSS战：对七色蝶。站在花的中央，对七色蝶的七个部分分别进行攻击，按照赤、橙、黄、绿、青、蓝、紫的顺序来攻击即可。战胜后前去与ジュラク见面，之后和スタ－ブル对话，前往“てんびん谷”。来到“てんびん谷”之后去リン的家。返回帕姆布林克斯，带着ダック回到リン的家。首先让未来的ラオチャオ饭店复活。
第三章 星になった贤者
前往ステラ溪谷，如果中途退出的话会将所有金钱减少一半！【阶层1：猪突猛进】本层有模型石散落。【阶层2：炎と冷气は不仲です】本层有模型石散落。发生尤利斯的回忆事件。【阶层3：大地を震わす魔物】本层有模型石散落。【阶层4：强敌！ヨ－ヨ－ロボ】本层有模型石散落。
【阶层5：谷の象军团】本层有模型石散落。因为有红色封印故不能切换尤利斯。本层产生了月亮与太阳的分支，无论选择哪一方走都可以。如果选择向太阳进发则在“ボスの谷”必须出现ラオチャオ饭店；如果选择向月亮进发则必须在到达“ヨルダの谷”之前帮助リン。
【阶层6（月）：强敌登场！溪谷の战士】本层有模型石散落且有白色封印。【阶层7（月）：ワライボックルの里】本层有模型石散落。【阶层8（月）：咒いの面】本层有模型石散落。也有太阳与星星的分支，星星路线不可行。
【阶层9（月亮－太阳）：オレたちゴロゴロブラザ－ズ】本层有模型石散落。【阶层10（月亮－太阳）：ドラゴンスレイヤ－】本层有模型石散落。之后到达“ヨルダの谷”。对话后发生事件，如果不帮助リン的话将不能继续前进。
如果从阶层5处选择从太阳侧前进则通往【阶层11（太阳）：危险な宝箱】本层有模型石散落。【阶层12：（太阳）：チビ龙军团の逆袭】本层有模型石散落且有蓝色封印，不能切换使用莫妮卡。之后到达ボスの谷。如果没有与ラオチャオ见面，那?#23558;不会有事件发生。村镇建造中将ラオチャオ饭店盖好后即可过关，前往未来。打探和“白き风の花”有关的情报。
前往ボスの谷，先打探和“手ごろな枝”有关的情报，随后在斯菲达（高尔夫）游戏中获胜即可取得“白き风の花”和“スワン”。将“白き风の花”交给ラオチャオ，得到“奇迹のシュ－マイ”。把“奇迹のシュ－マイ”给リン吃下去，之后和リン一起前往岬の灯台。
前往ヨルダの谷，待リン的回忆事件发生过后，与BOSSメムイ－タ战斗。其后取回リン的记忆。【阶层13（月亮－太阳）：カナリア司祭はチ－ズがお好き】本层有模型石散落。【阶层14（月亮－太阳）：自然の惊异】本层有模型石散落。【阶层15（月亮－太阳）：月の男爵】本层有模型石散落。发生钓鱼大会的事件，之后每十天召开一次。【阶层16（月亮－太阳）：灯台が见えてきた】本层有模型石散落。
前往岬の灯台，返回过去调查和道具有关的事情。在未来的“スタ－アイテムズ”购买“星の沙时计”。在坏掉的灯台处使用“星の沙时计”。发生事件后与BOSSギルト－ニ作战。如果以下两项行动失败了的话就会GAME OVER：第一、保证ギルト－ニ和莫妮卡单挑，在接近战当中一定要防御住对方的“剑”攻击，之后再伺机反击；第二、尤利斯要保护リン不受“邪恶な炎”的伤害。
成它Z前往未来。乘坐バ－ス一号移动，前往ベニ－ティオ，在进入ベニ－ティオ的时候发生事件，之后进入【第四章 さよなら、シグ－】
第四章 さよならシグ－
星之沙石计发挥了穿越时空的作用，尤利斯和莫妮卡治好了琳的失忆症并帮助她坚定了成为大贤者的意愿，虽然老师再也不能回到人间，可变成了星星的他却长明在天空，守护着琳。尤利斯和莫妮卡从未来的大贤者克莱斯特（也就是老年的琳）那里得知，掌握了未来最先进科研技术的中心——月亮研究所（ルナ研）也同样被格里芬摧毁，只有回到现代寻找并复活它的起源点才能让月亮研重生，才可以获得月亮研那些独特的科学技术，也只有他们的技术才能令二人回到一万年后找格里芬算帐。
巴斯一号径直驶向海滨的贝尼提奥（ベニ－ティオ），车到站时却再次被散落的巨石阻住了去路，沿木板搭成的楼梯平台行至沙滩，亮丽清新的海边风情立刻吸引了少年的全部注意，和煦的海风缓缓推动并不十分冰冷的海水，形成温柔的浪花轻轻地拍打在细腻金黄的沙滩上……
虽然海滩的面积颇为广阔，可此时却无甚去处，突然尤利斯听到了旁边的山洞里传来了一声惨叫，立刻收拾起玩耍的心情前去一探究竟。山洞的深处居然别有洞天，一只兔子以此为家，惨叫声发自于躺在地上的小海龙嘴里。兔子自我介绍叫做帕乌（パウ），他在海滩尽头的“潮骚の洞窟”里发现了这条受伤的小海龙，于是便把它带了回来，试图为它疗伤，却苦于没有海龙族的药物。帕乌拜托尤利斯和莫妮卡暂时照看一下名叫希古（シグ－）的小海龙，他自己先去为希古找些止痛的药来，帕乌走后，一直奄奄一息的希古却像是受到了什尹踸E一般，发了疯似的向外面跑去，二人未能阻止得住，只得任由希古跑进了潮骚洞窟。不能放任希古不管，同时也是为了在海滩重建未来的月亮研，二人紧追希古的脚步闯入了潮骚洞窟。
【阶层1：海贼あらわる！】本层有模型石散落。【阶层2：鱼だらけ】本层有模型石散落，另外还会有尤利斯的回忆事件发生。【阶层3：战车と亲方】本层有模型石散落，另外还有青の封印，不能使用莫妮卡。【阶层4：水のモンスタ】本层有模型石散落。【阶层5：恐怖！メドゥ－おばさん】本层有模型石散落。【阶层6：海のもぐら】本层有模型石散落。【阶层7：コウモリの巢窟】本层有模型石散落。【阶层8：海贼たちのアジト】本层有模型石散落。
这里的迷宫大多是“海底洞窟＋地表海滩”的结构，想想要是还得兼顾“时间制霸”的“伟业”就够折腾的了。尽头的山洞通往前方深邃的道路，黑漆漆的，不靠近很难看出到底有多深有多远，抱着既来之则安之的心态，二人一同闯了进去。里面的空间豁然开朗，暗流从石块堆砌成的渠道中或缓或急地流过，发出了“汩汩”轻响，这声音旋即与四周空旷的石壁互相碰撞，瞬间充盈了整个空间，虽满溢却不刺耳。
远处的石路边上稀疏地点着几盏灯火，在昏黄摇摆的火光映照之下，二人赫然看到面前那几有数丈之高的石壁上现出了一幅巨大的壁画，走近些细瞧，石块的上面几乎布满了苔藓，绿绿粘粘的，还有些霉味，应该是有些年头的了。沿左侧横跨暗流的通路走到石壁右下方，似乎隐约传来些鸣叫的声响，难道希古就在里面？二人交换了一下眼神，均同意到里面察看。
石壁的后方又是一间空旷巨大的石屋，周围怪石嶙峋，正中央则是一个水潭。希古突然从水潭中冒了出来，红着眼睛，摇头晃脑地朝二人冲了过来，不分青红皂白地开始展开攻击。尤利斯清楚地看到，希古的头上被戴上了一种装置，也许就是这个装置的安放者控制了善良温顺的希古来攻击他们的吧。不能伤害无辜的希古，同时还要找到解决问题的办法，二人带着这样的疑问回到了帕乌的家中，随后得知必须要先使未来月亮研的第一实验室（第1ラボ）复活才能找到这个办法。
按照之前在迷宫中收集到的模型石的指示，在海滩上放置八块作为未来月亮研地基的浅桥，另外再造一间铁の家，将其漆成红色，并在浅桥旁边置一艘船，令镇长之女克莱尔（クレア）入住，还有必须要满足的一点是文化值（CP）达到30以上，如果不够的话可以通过为铁の家增加烟囱或是风向鸡或是门口邮箱的方法达成。
通过传送点来到未来，进入刚被复活的第一实验室，在所长奥兹蒙德（オズモンド）的教诲下才知道，希古被一种电子装置控制了神经，只有用电子干扰的方式才能去处该控制装置。奥兹蒙德所长给了尤利斯一条鱼饵——“电子小虫（电气ミミズ）”，将电子小虫随便喂给鱼缸里的鱼，这样那条鱼便会带有电子干扰特性，再利用希古爱吃鱼的这个特点，把电子鱼喂给它吃，就可以解除电子装置对它的控制了。按照所长教的方法实行，尤利斯造出了一条金光闪闪的电子鱼，再度来到有着古代壁画的洞窟，准备解救希古。
发狂的希古只会追着人乱跑，可趁它发呆的瞬间抓拍特写。正确的攻击办法应该是先用普通攻击激怒希古，让它低下头并张大嘴巴，此时即可趁机像举石头那样举起电子鱼并投掷到希古的嘴里，之后电子鱼开始发挥作用，破坏了希古头上的控制装置。希古虽然又恢复了自己的意识，可身上的伤却没有丝毫痊愈的现象，于是尤利斯便和莫妮卡费力地将它重新送回帕乌那里。
在帕乌的家中，三人还是为希古的伤势一筹莫展，帕乌说，只有找到希古的海龙家族才有希望得到治疗它的特效药，据说海龙族的村落就在通过潮骚洞窟之后的地域。如果此时村镇建设的条件能够满足月亮研第二实验室（第2ラボ）的复活而建筑配件也相应齐全的话，即可建好第二实验室并再度回到未来，从二室的所长——恰普博士（Dr.チャップ）那里得到“贝がら型ほんやく机”，一种能够让人类和海龙族对话的语言翻译机。
通过古代壁画的洞窟继续前进，来到【阶层9：さすらいのビリ－】本层有模型石散落，另外还有白色封印，不可使用一切回复系的道具，此外本层有星星与太阳的分支路线，星之路线暂时不能通过，只能选择太阳一条路。【阶层10（太阳）：死灵のうたげ】本层有模型石散落。【阶层11（太阳）：改良されたあいつ】本层有模型石散落，另外还有红色封印，不能用尤利斯。
【阶层12（太阳）：また出た！传说の海蛇】本层有模型石散落，另外还会发生赛鱼大会召开的事件，此后与钓鱼大会交替出现，如果某日开始大会的话，按△键打开菜单的时候即可从左上角滚动的信息中获知。【阶层13（太阳）：咒われた海】本层有模型石散落。【阶层14（太阳）：惨剧の海】本层有模型石散落。
通过一连串迷宫的考验，二人终于来到了海龙村的所在，似乎这里的阳光更为明媚，空气更为清新，海水更为清澈，天空更为透明。一条条巨大的成年海龙或三五成群地聚在一起，或独自悠闲自得地享受着海滩的阳光，一派桃源乐土不受世俗庸扰的景象。尤利斯环顾了一下，朝着它们之中看起来体型最为壮硕且年龄颇老迈的一条海龙走去。
果不其然，那老海龙便是海龙族的长老巴尔（バル），尤利斯阐明来意，长老以“龙の秘药”相赠，助尤利斯为希古治伤。回到帕乌的家里，对希古使用“龙の秘药”，不片刻它身上的伤口便完全愈合，欢快地鸣叫着，朝向自己族人的村落奔去。帕乌不放心希古，尾随而去，尤利斯和莫妮卡也跟了过来。
在海龙村里，曾经袭击过二人的格里芬飞空艇再度出现，不过这次基尔托尼（ギルト－ニ）并未出手，改由他手下的那个怪模怪样的博士来对付二人。贾明博士（Dr.ジャミング）的外号非常奇怪，叫什丑妥d剧的摇滚乐手”，这点从他正式登场时的铺张场面也可得以证实。也不知他用了什中漎q，竟然让所有成年的海龙都戴上了那种电子控制器，那些海龙现在全部都由他来控制了，看来之前对希古下手的就是他。
二人被一众海龙团团围在中央，贾明博士还驾驶着飞行器在空中捣乱，看来只有先把这个大祸胎除去才能恢复全部海龙的神智。贾明博士会在海龙的上方不停地绕着主人公兜圈子，有张特写别忘了拍，对付他很简单，只需算好提前量，在他到达某只海龙的上方之前打击该海龙的头部令海龙抬头即可撞击其飞行器，不用几下即可搞定。
格里芬军团的阴谋再次被击破，海龙全族得救，长老带领着全体海龙游向大海深处，碧波荡漾时，夕阳映照出一片火红。20年后，希古将成为海龙族的新长老，帕乌忘情地喊着：“再见了，希古！”由于尤利斯的努力，贝尼提奥海滩的建设工作100％竣工，未来的月亮研成用`活。二人来到未来，进入中央实验室，在这里遇到了反抗格里芬军队的领袖——多纳·宏王（ドナ·ホ－ン）。
由于反抗格里芬的战势异常紧急，各种消息频繁从前线传来，坚守在前线的女性领导艾依娜（エイナ）竟然就是尤利斯的母亲。见到久别重逢的母亲，尤利斯千言万语不知从何说起，禁不住便要哭了出来。母亲告诉他，从远古时代起，阿特拉米利亚宝石便会自己挑选守护者，世上一共有三块宝石，蓝色的月亮之石选中了莫妮卡，红色的大地之石选中了尤利斯，金色的太阳之石选中了格里芬。格里芬妄图将三块宝石都据为己有，于是从一万年前便开始了穿越时空的破坏行动。母亲是属于未来的人，因为命中注定要保护尤利斯的父亲而来到了现代，二人日久生情，结为夫妇，并最终生下了大地之石的主人——尤利斯，然而终于因为时空的差异不能令夫妻母子团聚，她必须回到未来帮助大家抵抗格里芬的侵略。
听到此处尤利斯早已泪流满面，他终于找到了妈妈，却只能在不同的时空中看着她，难道这就是命运？妈妈告诉尤利斯，光靠月亮研的科技还不够，必须依靠位于刚多尔火山（ガンド－ル火山）的大工房才可以制造出对付格里芬的终极武器，需要尤利斯立刻赶往刚多尔火山寻找令未来大工房复活的起源点。面对格里芬残酷的侵略袭击，尤利斯也只好将难得的亲情暂放一边，乘坐巴斯一号前往刚多尔火山。（注：若村镇建设的完成度达到了100％，去第二实验室即可从所长恰普博士那里可以得到机器人的强力武器——ペズキャノン。）
第五章：决战！过去と未来と
亿万年间这座活火山的喷发堆积出厚达数百米的火山灰，黑黝黝的，覆盖在山脚下面。空气里弥漫着呛人的硫磺味，眼前如雪花般飘落的，是夭折的萤火虫？还是冻结了的神的血泪？通红着散放出点点光芒，是未燃尽的火星儿，熄灭了，变成灰，沉积在地面。天空虽然阴沉沉的，暗得令人压抑，可是天边偶尔一现的那抹火红却蕴藏着无穷的爆发力和生命力，地面上凹凸不平的是火山的“毛孔”，间歇性地排放出过剩的热量。
海姆·拉达（ヘイム·ラダ）便是位于刚多尔火山脚下的火山灰堆积平原，也是未来大工房的建造地点，根据母亲的指示，必须到达山顶，将控制火山喷发的“ファイア－スコ－ル”装置破坏，然后用在迷宫中获得的模型石来建造大工房。【阶层1：グリフォン军との战い】本层有模型石散落。【阶层2：ガンド－ルの风】本层有模型石散落，还有红色封印，不能使用尤利斯。【阶层3：山のチビ龙たち】本层有模型石散落。【阶层4：スチ－ムギョ－ン】本层有模型石散落，还有蓝色封印，不能用莫妮卡，此外本层有星星与太阳的分支路线，星之路线暂时不能通过，只能选择太阳一条路。【阶层5（太阳）：出现！山の暴れん坊】本层有模型石散落。【阶层6（太阳）：赤いイワノフ】本层有模型石散落。【阶层7（太阳）：危险地带】本层有模型石散落。【阶层8（太阳）：火の山の秘密】本层有模型石散落。【阶层9（太阳）：デストラップ】本层有模型石散落。【阶层10（太阳）：决死の八合目】本层有模型石散落。【阶层11（太阳）：うっとうしいやつら】本层有模型石散落。
终于攀登至刚多尔火山的顶部，二人见到了硕大的火焰喷发装置——ファイア－スコ－ル，那壮观的机械也不会存在太久了，还是给它照张相片留作纪念好了，不过对于破坏却拿它没有丝毫的办法，看来只有先让未来的大工房复活一部分才能找到破坏它的方法吧。返回海姆·拉达，按照从前11层迷宫中找到的模型石的指示，先在地上盖几座民宅（三座以上），最好是铁的，其次为石头的，木头房子由于易燃而不加以考虑。还要用石块铺垫三层地基，在最上层盖间房，随便让谁住进去就行。某间房上要有烟囱，里面要住人。另间房上要放置クレ－ン和ア－ム，让颇尔尼奥（ポルネオ）入住，另外要在地上再加盖发电机。如果此时的文化值可以达到60以上，那?#21018;多拉达（ガンドラダ）大工房即可部分复活。
通过传送点来到未来，尤利斯登时被眼前宏伟壮观的景象惊呆了——未来的大工房竟然会占据了整座山的面积，全部的建筑都围绕着中心的深坑以环形建在周围，场景奇大无比，光跑上一圈大概就会花费两个小时（游戏内部时间），幸好有传送点通往各主要路段才不至于浪费更多的时间。通过电梯来到大工房的2F，和长相动作酷似颇尔尼奥的グイスコン交谈（可能是他的后代），可以获得爆破ファイア－スコ－ル用的定时炸弹（时限ばくだん）。返回现代，重新登上火山顶，在ファイア－スコ－ル前使用定时炸弹，随着一阵惊天动地的大爆炸，ファイア－スコ－ル烟消云散，随火山灰一同做了山脚的铺垫物。
正待庆祝时，基尔托尼再次驾驶着飞空军舰デスア－ク出现在二人面前，他十分懊恼二人破坏了他们的计划。操纵着大战舰对二人展开了疯狂的进攻。此役最好用尤利斯驾驶机器人来对付军舰，幸好之前曾经获得远距离武器ペズキャノン，否则还真不容易对付。飞空军舰既有机枪扫射，又有跟踪炸弹发射，虽然场景广阔且有大石遮挡，但似乎对方的攻击没有死角可躲，只能不停移动。如果机器人的核心与外壳的防御都不高，而燃料也不多的话，最好多备些燃料用，虽然最多只可携带5桶燃料，但是若加上斯塔布尔的回复能力也许刚好够用。
莫妮卡和基尔托尼是仇人见面分外眼红，趁飞空军舰被摧毁的刹那迫不及待地跳到了船上，欲与对方拼命。不料基尔托尼佯做不敌，反手将莫妮卡打晕，二人和起火的飞艇一同坠落到火山口中……尤利斯眼见莫妮卡遭难，急忙择路从火山口沿绳攀了下去。【阶层12（太阳）：炎の道をゆく】本层有模型石散落。【阶层13（太阳）：爆炎のアンデッド】本层有模型石散落。【阶层14（太阳）：ファイヤ－ドラゴン】本层有模型石散落，还有白色封印，不能使用任何回复系道具。【阶层15（太阳）：宝箱危险ゾ－ン】本层有模型石散落。【阶层16（太阳）：炎の川に续く道】本层有模型石散落。
虽然迷宫到了尽头，可通往最后一站的大门却被岩浆所堵塞，眼下唯一之计便是返回海姆·拉达将复活大工房的工作进行到底。待100％完成后，尤利斯前往未来，在操作室（オペレ－ションル－ム）里找到了多纳·宏，他将可以打通岩浆的乐器“ファイア－ホン”交给尤利斯。尤利斯返回现代，在被岩浆堵塞的门前使用“ファイア－ホン”，岩浆会自动流开，形成一条通路。进入后找到了基尔托尼和依然昏迷的莫妮卡。开始战斗，基尔托尼很好对付，只要留意他的进攻规律即可轻松回避，用尤利斯的右手武器便可打倒他。出人意料的是，基尔托尼竟然还会变身！怪物化的他能力显然增强了不少，最好还是坐机器人来打，另外不要忘记拍下变身后的“究极ギルト－ニ”的特写。
战败的基尔托尼躺在地上，回忆起自己悲惨的童年，原本也是无忧无虑的他和妈妈开开心心地生活在一起，可是突然降临的厄运却带走了妈妈的生命，无依无靠的基尔托尼只好转投格里芬门下，干起了暗之刺客的勾当。悔之晚矣，基尔托尼的眼皮渐渐地沉重了起来，虽然站在敌对的立场之上，可失去母亲的痛苦却让尤利斯对基尔托尼产生了一丝同情。莫妮卡看着基尔托尼生命的流逝，仇恨的心情由浓转淡，也许错不在他吧。
二人一同前往未来，到大工房察看建造反抗格里芬武器的进度，此时巨大的人形机动要塞帕兹诺斯（パズノス）已经完成，从各层的传送点均可前往通往帕兹诺斯的桥（パズノス·ブリッジ）。在帕兹诺斯内部，多纳·宏正在等待着二人，他问尤利斯是否准备好与格里芬开战，回答“はい”即可。多那下令电脑操作员将要塞升空并移动起来，此时格里芬控制的无数岩石傀儡纷纷开始行动，虽然要塞的作战能力很强，可终究有些不敌数目众多的怪物。在前线指挥作战的艾依娜不停告急，尤利斯也是颇为焦虑，不过在得知现在可以去一万年前打倒格里芬之后，情况终于有了好转。
尤利斯和莫妮卡来到月亮研，在中心实验室里，结合了月亮研的科技与大工房的制作两方面的产物——时空列车依库希昂（イクシオン）终于诞生了，由第一实验室所长奥兹蒙德担任列车长，载着二人穿越时空，飞向遥远的古代……
第六章 二つの时代、重なるとき……
一万年前，大地一片荒芜，只有格里芬居住的月花宫殿挺立在地面，雄伟且阴森。天空一片阴霾，隐约从厚重的云层下露出些惨红的光，更显出宫殿的诡秘。一轮圆月从宫殿背后缓缓升起，在这个年代，原来世界是只有一轮月亮的。奥兹蒙德嘱咐二人一定要小心，因为毕竟这里是格里芬的老巢，那种压抑的威势即使在门外也感觉得到。二人一同步入宫殿，迎接二人的，是一只和帕乌差不多的兔子，身披一件隐士才穿的带帽子的宽松大氅。兔子一开口，将二人吓了一跳，原来他便是引起无数争端的格里芬大帝。格里芬大帝的真身竟然是一只兔子？这话说给谁恐怕都不会相信吧。可无奈的是，事实确是如此，二人也只好面对。格里芬向二人展示了自己所拥有的金色太阳宝石，并劝诱二人将各自拥有的宝石都交出来给他，在遭到拒绝后便发起挑战。
格里芬会在空中飘浮并绕着圈子，偶然才会落在地面上，如果左手武器不够强劲的话就只有趁这个机会进攻了