以「新世紀福音戰士」動畫為基礎，從PS2移植PC版的『新世紀福音戰士：機密檔案』遊戲內含三線故事，「基本、主角路線」能透過劍崎第三者的角度來解開原作的種種謎團，「瞳路線」則透過新登場的原創角色來感受步步逼近的威脅，另外提升與真嗣、綾波零和明日香的關係就能觸發不同結局。在遊戲首發版中還特別收錄男女主角POST CARD一式5款，以及遊戲攻略設定本，讓fans們一拿到遊戲就能開始補完所有動畫裡的謎團！參加預購的玩家5/21起就能收到53X77cm的福音大張紀念海報跟遊戲，而全省萊爾富便利店及3C通路則是5/22全面上架。